Existe alguma razão pela qual você gostaria de usar o gerenciador de inicialização do Windows especificamente? Se você instalar o grub ou o syslinux na unidade SATA, poderá criar um menuentry para o Windows e também para os sistemas Linux - na verdade, na maioria dos casos, outros bootloaders do sistema operacional são automaticamente detectados e configurados. Caso contrário, se você ainda preferir ficar com o gerenciador de inicialização do Windows, você pode querer procurar uma solução em seus sites ... algo como msdn.