Houve uma atualização na documentação, tente com este script, adaptando-se ao seu caminho de instalação.
#/bin/bash # Specify here the full path to the pgmodeler's root directory export PGMODELER_ROOT="/path/to/pgmodeler" export PGMODELER_CONF_DIR="$PGMODELER_ROOT/conf" export PGMODELER_SCHEMAS_DIR="$PGMODELER_ROOT/schemas" export PGMODELER_LANG_DIR="$PGMODELER_ROOT/lang" export PGMODELER_TMP_DIR="$PGMODELER_ROOT/tmp" export PGMODELER_PLUGINS_DIR="$PGMODELER_ROOT/plugins" export PGMODELER_CHANDLER_PATH="$PGMODELER_ROOT/pgmodeler-ch" export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:"$PGMODELER_ROOT" export PATH=$PATH:$PGMODELER_ROOT #Running pgModeler pgmodeler
Veja o artigo completo: link