Se a saída do erro for impressa em stderr e toda a saída no caso de saída normal para stdout, você poderá redirecionar a saída quando iniciar o comando com at
.
at command > /dev/null
Por padrão, at
envia e-mails tanto stdout quanto stderr (da página man):
The user will be mailed standard error and standard output from his commands, if any. Mail will be sent using the command /usr/sbin/sendmail.
O problema é que você perderá o stdout também quando sair com um erro. Eu tenho para este tipo de coisas um pequeno programa Python que envolve outro comando e armazena em cache a saída (stdout e stderr), esses dados em cache só são enviados se o valor de saída do comando for diferente de zero (ou se algumas cadeias de erro especiais estava presente na saída, o que foi útil para algum linker do Windows que usei que sempre saía com 0, embora houvesse erros.).