Se você instalou você mesmo a partir do código-fonte, creio que há algumas etapas adicionais que você precisa fazer para concluir a instalação.
Especificamente, os seguintes guias precisam ser seguidos:
- 2.18.1. Procedimentos de pós-instalação do Unix
- 4.4.6. mysql_install_db - Inicializa o Diretório de Dados do MySQL
- 2.18.1.2. Iniciando e parando o MySQL automaticamente
Você pode querer também confira este guia que mostra muitos dos passos específicos do Debian.