Para parar e iniciar a partir do cron, você deve ser capaz de iniciá-lo se definir adequadamente a variável de ambiente DISPLAY:
env DISPLAY=":0.0" transmission-gtk &
e se você enviar SIGINT, ele será fechado da mesma forma como se você escolhesse Sair no menu, fechando as conexões e carregando os totais para os rastreadores:
killall -INT transmission-gtk
Em "Preferências de Transmissão" em "Velocidade", há uma seção "Limites de Velocidade Alternativos" que permite definir um conjunto diferente de velocidade por um determinado período. Acho que você poderia configurá-lo como 0 para upload e download, se sua única preocupação for a contenção de largura de banda durante algum tempo.