Eu acho que o Python padrão do seu sistema é Python3.x, digite
$ which python
$ which guake
/usr/bin/guake
Altere o #! /usr/bin/python
em /usr/bin/guake
para #! /usr/bin/python2.7
. Note que o guake pode ser executado apenas no Python2.x, e o pygtk é apenas o suporte ao Python2.x.