Mesmo que não seja mencionado no manual do procmail, acredito (não verifiquei) que colocar uma barra invertida antes do espaço remover seu significado especial (como em outras partes do procmail).
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* From: .*Stack\ Exchange
Stack\ Exchange/
Se isso não funcionar, use uma variável.
STACKEXCHANGE_MAILBOX=Stack Exchange
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* From: .*Stack\ Exchange
$STACKEXCHANGE_MAILBOX