Eu experimentei um problema semelhante de congelamento com o IntelliJ IDEA 2016.2.4 (162.2032.8) no Ubuntu 16.04.1 (64 bits) ao importar um projeto.
O suporte da JetBrains sugeriu a seguinte solução alternativa:
Antes de a interface do usuário se tornar sem resposta, mude de "Pacotes" para a visualização "Projeto".
Isso me permitiu passar do congelamento.
O suporte referenciou esse problema não resolvido de 2008 com relação a esse comportamento: IDEA-18765 Atualização da árvore de exibição de pacote síncrona lenta