Primeiro, faça um backup dos arquivos existentes, apenas por precaução.
tar czf modx-old.tar.gz html/cms
Em seguida, use cp para copiar os novos arquivos no lugar. Você não pode usar mv aqui porque ele simplesmente ignora os diretórios existentes em vez de recorrer a eles. Mas cp fará uma cópia profunda, sobrescrevendo qualquer arquivo existente no destino.
cd html/modx-2.1.1-pl/ && cp -Rpf . ../html/cms/
Com o GNU cp , você pode adicionar -l para criar links físicos em vez de copiar.
Por fim, você pode remover o diretório modx-2.1.1-pl .