Depois de experimentar isso, descobri que a melhor maneira de conseguir isso é montar os compartilhamentos SAMBA no Windows Server e usar o Robocopy para sincronizar os arquivos. Ele fará uma cópia espelhada se você quiser. É uma ferramenta de cópia de arquivos muito robusta no Windows (versões posteriores) sobre a qual eu não sabia nada até hoje.
Na verdade, ele tem uma opção / SECFIX que corrigirá informações de segurança em arquivos já copiados. Eu estou testando esta funcionalidade contra uma cópia rsync feita do ext3 fs que estamos movendo. Com alguma sorte, antes do final do dia, terei uma cópia completa e atualizada do compartilhamento corporativo, incluindo propriedade e permissões corretas!