Parece que você herdou um antigo arquivo de configuração X.org baseado em nvidia, com Twinview & Xinerama.
- O TwinView é específico da Nvidia, não funciona com um intel.
- Xinerama é provavelmente a opção que causa o "efeito de alongamento" que você observa
Hoje em dia, o X.org é dinâmico e configurável graficamente. Você pode simplesmente deletar seu antigo xorg.conf e configurá-lo graficamente do jeito que você quiser com o gnome ou a ferramenta do sistema kde.