Por favor, dê uma olhada em
Onde obter os esquemas de cores do Kate?
e veja se tem alguma resposta para você.
Você está dizendo que acrescentar os arquivos schema e syntaxhighlighting a ~/.kde/share/config/kateschemarc
e ~/.kde/share/config/katesyntaxhighlightingrc
respectivamente usando cat >>
não funciona no GNOME 3?