Supondo que você esteja usando o Gnome, tente usar System- > Preferences- > Monitors. O KDE tem uma ferramenta semelhante em Configurações do Sistema - > Vídeo.
Eu não sei se o hot-plug faz alguma diferença, mas essa ferramenta salvará suas configurações para que, a qualquer momento que você reiniciar, ele use as mesmas configurações da última vez.