Não ter minha janela Alt-Tab na tela principal foi um grande aborrecimento para mim quando eu tinha dois monitores. Quando percebi que minha janela Alt-Tab estava na tela errada, eu invocava esse script Python com um atalho de teclado:
#!/usr/bin/python -E
import gtk
gtk.gdk.display_get_default().warp_pointer(gtk.gdk.screen_get_default(), 800, 600)
gtk.gdk.flush ()
Por link tudo o que ele faz é agir como se você tivesse clicado na tela principal. Este é um kludge, com certeza, e não corrige o problema de raiz, mas é a melhor solução que eu poderia fazer no momento.