Se eu entendi a situação corretamente, então é uma situação bastante grave. Os instantâneos do VirtualBox são incrementais, portanto, os posteriores dependem dos anteriores. Quando você exclui um instantâneo, o VirtualBox faz algum processamento para "mesclar" os instantâneos, e é por isso que não é muito rápido excluir um instantâneo.
Eu não tentei, mas o VirtualBox não deve permitir que você exclua instantâneos enquanto a máquina virtual estiver em execução. Caso você de alguma forma conseguisse fazê-lo, acho que toda a esperança está perdida. Espero que você possa restaurar a máquina para um instantâneo anterior.