Parece muito trabalho, mas você pode potencialmente:
- Defina o formato de registro para mostrar apenas o nome do arquivo dos arquivos copiados
- Capture e mescle esse log para ter uma lista de arquivos copiados com êxito
- Dispara o próximo rsync com
--exclude-from=FILE
para excluir aqueles da execução
Como escrito, não há mecanismo para a lista de exclusões ser aparada. Ele cresceria sem limite (provavelmente atrasando as coisas), a menos que você tenha uma maneira de identificar aquelas que são seguras para remover.