Você pode usar as variáveis de ambiente FONTCONFIG_FILE
ou FONTCONFIG_PATH
para alterar as configurações de fontconfig apenas para um processo e seus descendentes:
$ cp /etc/fonts/fonts.conf /path/to/fonts-for-firefox.conf
# modify /path/to/fonts-for-firefox.conf as you see fit
# don't forget to change the include ..>conf.d< to >/etc/fonts/conf.d<
$ FONTCONFIG_FILE=/path/to/fonts-for-firefox.conf firefox ...