Ok, eu desisti da rota do U-Boot, apesar de que teria sido legal, se tivesse funcionado.
Eu peguei a variante da IoT (apenas console, sem GUI, downloads mais rápidos) da imagem Debian do BeagleBone, por exemplo. "Esticar IoT (sem área de trabalho gráfica)": link
e seguiu os passos aqui: link
Existe um link de como piscar, ou seja, passos extras são necessários para isso - bom, lembrei-me disso errado. Temia que a inicialização do sdcard pudesse piscar o emmc interno, o que eu não quero.
Como mencionado anteriormente, quando um cartão SD é inserido, o dispositivo sdcard mmc será o número 0 e o flash interno (emmc) será 1. Além disso, o sistema de arquivos no emmc é aparentemente ext4. Então você precisa montar isso:
debian@beaglebone:~$ sudo mkdir /mnt/emmc
debian@beaglebone:~$ sudo mount -t ext4 /dev/mmcblk1p1 /mnt/emmc
Então você pode ir até a pasta de inicialização no emmc montado:
debian@beaglebone:/$ cd /mnt/emmc/boot/
e corrija o uEnv.txt com um editor ou o backup que você fez com antecedência;)