Como mencionei nos comentários, estou confuso sobre para que serve a partição 'BIOS boot' e por que você tem vários arquivos grub.cfg diferentes espalhados em diferentes partições. Acho que tudo o que você precisa é de um arquivo grub.cfg , do qual deve ser possível inicializar o Linux e o Windows.
Outra coisa é ter certeza absoluta de que o USB ao vivo do qual você está atualizando foi criado e inicializado no modo EFI, não modo de inicialização do BIOS legado. Uma maneira fácil de verificar isso é inicializar a partir do USB e verificar se o arquivo / sys / firmware / efi existe. Se não, então não foi inicializado no modo EFI.
Eu tenho um sistema dual-boot bastante similar com o Windows / Linux. Eu verifiquei e há apenas um arquivo grub.cfg , na partição raiz do sistema Linux na pasta / boot / grub. A partição do sistema EFI está sendo montada em / boot / efi durante a inicialização.
Com relação à sua pergunta sobre como modificar o grub.cfg na partição EFI: não deve haver nenhum mal em fazer isso. Na verdade, se você precisar de vários arquivos grub.cfg por algum motivo, provavelmente seria melhor manter os arquivos mesmo (em vez de esperar que a ferramenta de atualização automática lide com isso corretamente). Eu faria o backup do arquivo criado automaticamente primeiro e você também pode testar os comandos de inicialização na linha de comando do grub, antes de modificar o arquivo. O pior que provavelmente aconteceria se você estragasse alguma coisa é que você será jogado em um prompt de comando do GRUB, onde você terá que inserir os comandos de inicialização manualmente. Se você não sabe como fazer isso, talvez seja necessário inicializar por meio de um USB ativo e corrigir / restaurar o arquivo.
A outra coisa é que, se você fizer alterações em grub.cfg manualmente, elas podem ser sobrescritas na próxima vez que o GRUB fizer uma atualização automática (nesse caso, eu provavelmente desabilitaria o update-grub command no seu linux distribuição).