Não faço ideia do tipo de configuração que você tem do seu lado. Talvez você use RAID ou não, SAN, NAS ou não, pois cada um deles complicaria as coisas.
Por enquanto, suponho que você esteja usando um único disco rígido tradicional com partições.
Geralmente, há uma razão pela qual as pessoas têm partições diferentes, por exemplo, algumas pessoas podem pensar ou ter lógica para ter bancos de dados para diferentes conjuntos de dados para fins de segurança e similares. Eu aconselho você a pesquisar um pouco mais antes de tomar uma atitude e, se possível, conversar com as pessoas por que elas fizeram o que fizeram antes.
Tendo dito o acima exposto e supondo que você tenha boas razões para fazer as mudanças, o que eu faria é fazer o backup de todos os dados em uma unidade externa, usar um CD do Debian Live ou qualquer coisa que você possa usar, usar o gparted e fazer o partições como você gosta, deslize / copie os dados certificando-se de que quaisquer hard links ou links simbólicos que possam estar apontando para as diferentes partições sejam vinculados corretamente em um servidor sobressalente com a mesma configuração que excede o hdd mas tenha o sistema de arquivos se possível. Espero que você tenha algum tipo de teste para saber se as coisas estão funcionando corretamente.Se tudo correr bem, basta desligar o servidor, colocar o novo disco com os dados e colocá-lo em funcionamento.
Geralmente é uma boa idéia atualizar o Debian e quaisquer aplicativos que estejam sendo usados quando você está fazendo isso, mas isso implicaria em algum tempo reservado para testar como os dados funcionam como atualizações de kernel, correções de segurança tornam a coisa toda melhor.
Eu também gostaria de pedir que você faça alguma documentação para que você possa enviar as anotações caso algo dê errado na medida em que a memória tende a ficar embaçada durante um período de tempo, além de explicar por que você está fazendo o que estão fazendo.
Todos esses são apenas indicadores de boas práticas e do que você deve saber. Eu, por exemplo, nunca fui a favor do reparticionismo in situ, pois qualquer custo de dano simplesmente não vale a pena.