O que pode acontecer é que os scripts padrão sejam sobrescritos por seus scripts personalizados locais (você pode ter modificado localmente ou simplesmente ter esquecido de executar scripts padrão).
Tente adicionar uma chamada ao script custom.sh
em seus scripts de usuário (na parte inferior do arquivo ~/.bashrc
):
# Running custom.sh
source /etc/profile.d/custom.sh