Todas as ferramentas de comparação gráfica que conheço (Meld, KDiff3, Kompare, vimdiff) são baseadas em linhas de trabalho, pois são ferramentas de desenvolvimento. No entanto, vejo a possibilidade de ajustá-los para que você possa usá-los para o seu propósito. Depende se você pode fazer sem as quebras de linha (novas linhas, ASCII 10) em seus arquivos de origem dentro de parágrafos, ou é capaz de removê-los temporariamente para a comparação e reformatar a fonte mais tarde.
Neste caso, você pode comparar os textos mesclando os parágrafos em uma única linha. Meld , por exemplo, tem uma configuração para linewrapping para melhor legibilidade (sem quebras de linha duras inseridas), e também a possibilidade de definir filtros de texto que permitem ignorar conteúdo irrelevante, e. g. formatando tags / comandos. Eu fiz um pequeno exemplo de HTML para mostrar a você o que estou pensando:
O<.*?>
(bruto, generalizador e muito básico).