Acabei de ter o mesmo problema: duas digitalizações do mesmo documento, criadas com um scanner não-duplex, ou seja, o documento odd.pdf com as páginas ímpares e even.pdf com as páginas pares.
Para mesclar esses dois documentos, página por página, usei o comando pdftk com a opção shuffle :
pdftk A=odd.pdf B=even.pdf shuffle A B output merged.pdf