Depende de quantas dessas correções você tem.
Não acho que exista qualquer código para fazer o que você quer fazer, então você mesmo teria que escrever algo.
Se é apenas um punhado, o que você está fazendo agora parece ser a abordagem correta. Qualquer outra coisa quase certamente lhe custará muito tempo, e então você entra em conflito com o XKCD # 1205 .
Se você tiver um conjunto decente de correções, você poderá usar algum sistema de integração contínua (digamos, buildbot) junto com dgit para manter seus patches no git, e rebase seu branch de patches para a versão recém-carregada. Depois de ter feito isso, seu sistema de CI, em seguida, chama dch para criar uma nova entrada de changelog com um novo número de versão, alimenta-a para sbuild para construir o pacote e carregá-lo para um repositório local (algo como reprepro que você habilita em todos os seus hosts.
É factível, mas seria muito trabalhoso criar; e dependendo de quanto tempo você gasta mantendo seus patches, pode não valer a pena.