Parece que você deseja escrever uma letra citar todos os valores inteiros que começam com zero. Este é um RE muito mais simples que alcança esse objetivo:
perl -lpe '1 while (s/(^|\s)(0\d*)(\s|$)/$1"$2"$3/)' test5
1234 "012345"
0.000 "01234"
01/02/03 5467
"01234" "0123"
"05554567" 234
"0099"
"0000" "000054"