Esta não é uma grande resposta, mas para aqueles de vocês que podem se deparar com essa questão, porque você tem um problema semelhante, acho que devo mencionar o resultado.
Era impraticável deixar as coisas em ordem, então fui em frente e corrigi o problema com btrfs check --repair
da minha instalação de volta do Arch. Nas verificações subsequentes, não foram encontrados erros, nem quando eu segui com um scrub se houve algum erro. Em seguida, fui em frente e comparei o volume com os backups, mas havia muito o que fazer e não consigo decidir se há algo com que se preocupar. Passei por cerca de 25% e não encontrei nada que me preocupasse, e meu sistema está funcionando bem. Considere que ele tem o sistema operacional, cache / config e outras coisas que fazem o sistema rodar corretamente, tudo está bem.