Na verdade, existe um utilitário chamado pdfstamp, parte do pacote libtext-pdf-perl, que faz exatamente isso - adiciona texto ao pdf existente (como uma nova camada, aparentemente).
Informações encontradas graças a esta pergunta , o pdfstamp foi mencionado nos comentários.
O único problema é que ele não parece entender o UTF8, mesmo quando se usa fontes Unicode TTF.