Isso não é possível se você for inicializar, já que tudo desaparecerá após a reinicialização.
Você poderia instalá-los toda vez que inicializar o iso se as ferramentas não exigirem uma reinicialização.
Você poderia instalar esse ISO em algum lugar para que as alterações permaneçam após a reinicialização.
Você pode editar o scipt build.sh para não executar make clean
, mas isso provavelmente quebrará algumas outras coisas, já que make clean é algo que você faz antes de recompilar, para ter certeza de que você terá uma compilação limpa e não terá sobra de by- produtos de execuções anteriores.