A mesclagem é resultado do formato escolhido de um download de vídeo. As opções de formato são explicadas no README oficial .
Para evitar a fusão, deve-se usar o formato "melhor". Por exemplo, assim:
youtube-dl -f best https://...your_url
Ou, se você quiser definir largura / altura máxima ao longo do caminho:
youtube-dl -f 'best[width<=1920,height<=1080]' https://...your_url