Isto não é possível com os coreutils do GNU (a partir do coreutils 8.27). A documentação não menciona isso, e o código-fonte não mostra nenhuma forma não documentada. O teste para o mesmo arquivo não permite apenas ao criar links físicos ou, em alguns casos, onde os arquivos são links simbólicos para o mesmo destino.
O Rsync permite isso, então uma solução simples seria usar rsync
em vez de cp
.