Essa questão surge quando tento encontrar um script no meu cluster de computação host que pode permitir um gerenciamento mais conveniente dos cálculos químicos quânticos em Gaussian. O manual do usuário do meu host fornece o seguinte:
Gaussian 09 offers an alternative way of passing to the program values for the number of processors, amount of memory and disk space to use. Instead of specifying %mem, %nprocshared and Maxdisk in input file, you may find more attractive to use the Gaussian environment variables $GAUSS_PDEF, $GAUSS_MDEF and $GAUSS_RDEF. The usage of these variable make it possible to convert the PBS job values for ncpus, mem and jobfs into the environment variables readable by Gaussian 09. We suggest you to try the bash script 'g09.sh' instead of 'g09' in the command line of the PBS script. The script performs this conversion for you and starts the program making it aware of the PBS settings. The syntax of the script usage is simple:
Infelizmente, parece que o script não existe mais no cluster (e não posso verificar isso completamente, já que como usuário, o acesso não é permitido em / root, embora eu possa realmente acessar a pasta / e verificar / apps e / modules que armazena os softwares e os módulos do ambiente.
Isso significa que, com base nessas informações, tento escrever meu próprio script que faz a mesma tarefa para mim. Um típico PBS usado pelo host é assim:
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=20:00:00
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=4GB
#PBS -l jobfs=100GB
#PBS -l software=g09
#PBS -l wd
module load gaussian/g09e01
g09 < inputdeck > outputfile 2>&1
Portanto, conforme declarado no Guia do usuário do PBS Professional , tudo com -l são os recursos para ser alocado para o trabalho.
Eu então tentei encontrar variáveis de ambiente que armazenam o valor dos recursos mem, ncpus e jobfs para que eu possa exportar $(some gaussian environment variable)=$(some PBS environment variable correspond to the resources) . No entanto, a única variável ambiental PBS que armazena recursos é PBS_NCPUS, portanto, parece que a estratégia não funcionará
Então, como posso extrair os valores de cada tipo de recurso das diretivas PBS para que eu possa mapeá-los para variáveis de ambiente gaussianas?
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