Eu descobri qual era o problema. dnf repoquery -l mesa-libGL gera os arquivos de todas as versões do pacote. Nesse caso, libGL.so.1 é incluído apenas em mesa-libGL-12.0.3-3.fc25.i686 , que não é a versão que eu instalei. Aparentemente, os autores do pacote alteraram algumas dependências e libGL.so.1 agora faz parte de libglvnd-glx :
$ dnf repoquery -l libglvnd-glx.x86_64
/usr/lib64/libGL.so.1
/usr/lib64/libGL.so.1.0.0
/usr/lib64/libGLX.so.0
/usr/lib64/libGLX.so.0.0.0
Depois de reinstalar o pacote, glxinfo funciona novamente.