Eu finalmente encontrei uma maneira de lidar com python com autotools. Makefile.am permite que você substitua instalar e desinstalar assim:
install-exec-local:
cd src/ && python setup.py install --record $(pythondir)/installed_files.txt
uninstall-local:
cat $(pythondir)/installed_files.txt | xargs rm -rf \
rm -r $(sysconfdir)/nina
agradecimentos especiais a Kevin Brown por seu incrível tutorial.