A execução do aplicativo C ++ CGI no Apache é bastante direta. E é realmente conveniente que toda a base de código seja C ++ e você queira apenas uma interface de usuário web básica. No trabalho, fizemos um portal interno com essa técnica. Nunca fiz FastCGI desde que apenas um punhado de pessoas usou o serviço. Mas acho que você levou o seu design um passo adiante, que poucos se aventuraram.
O Apache (ou provavelmente qualquer httpd) permitirá que você execute uma URL específica como um usuário específico, o que pode proteger o processo. Essa seria a minha recomendação ali mesmo. Mas se você decidir usar o QtWebApp em uma estrutura de servidor, então o framework precisa ter essa capacidade (acho que não) ou dentro do WebApp você precisa de geram um processo como outro usuário e esperam que ele não cause problemas em sua estrutura.