Consegui parar as mensagens de erro e gerar os sitemaps automaticamente.
Quando o servidor foi criado, o provedor de serviços de computação em nuvem criou um usuário. Quando assumi o controle do servidor, criei meu próprio usuário. O problema foi corrigido, definindo as pastas do sitemap para serem de propriedade do usuário anterior.
Ainda não sei por que configurar a pasta para www-data: www-data não teria funcionado e onde encontrar a configuração sobre esse antigo usuário que possui o processo de geração do sitemap (relacionado ao apache ou ao cron)