Eu não acho que isso possa ser feito diretamente com join . O que você pode fazer é primeiro extrair um arquivo que contenha todas as chaves e as colunas de 1 a 5, para usar como um começo de cada linha. Então você pode usar join para colocar os dois números no final.
Como são as linhas que contêm apenas o campo de junção na realidade? É apenas o campo, ou é o campo com vírgulas depois? No primeiro caso, você poderia fazer algo assim
awk -F , 'NF > 1 {print}' fileA fileB | cut -d, -f1-5 | sort -u | \
join -t, -o 0,1.2,1.3,1.4,1.5,2.6 - fileA | \
join -t, -o 0,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,2.6 - fileB