Então, ao executar ps ax | grep dnsmasq
, consegui ver de onde vem o arquivo de configuração e quais configurações são usadas atualmente ...
>ps ax | grep dnsmasq
1273 ? S 0:00 /usr/sbin/dnsmasq --no-resolv --keep-in-foreground --no-hosts --bind-interfaces --pid-file=/var/run/NetworkManager/dnsmasq.pid --listen-address=127.0.1.1 --cache-size=0 --conf-file=/dev/null --proxy-dnssec --enable-dbus=org.freedesktop.NetworkManager.dnsmasq --conf-dir=/etc/NetworkManager/dnsmasq.d
Como pode ser visto --conf-dir=/etc/NetworkManager/dnsmasq.d