Isso se deve ao fato de o cliente Ubuntu já ter registros salvos em seu disco. Se você quiser visualizar manualmente os registros, abra o navegador de arquivos no diretório pessoal e pressione Ctrl+H
para mostrar as pastas ocultas. Agora você deve ver uma pasta chamada .Skype
. De lá, navegue até .Skype/<username>/chatsync
. Agora, você pode limpar manualmente a pasta ou o que você planejou.
Se você quiser desativar os logs de bate-papo do lado do cliente no Ubuntu, abra o Skype e selecione Skype > Options > Privacy > Keep chat history for... > Disable History