rsync deve ser encontrado em qualquer distribuição Linux e pode ser usado para sincronizar todo um servidor, sistema de arquivos ou diretório de uma só vez, com listas de arquivos / padrões inclusos ou excluídos, se desejar.
Você também pode fazer rsync em uma conexão ssh se não quiser configurar o serviço rsync, embora seja um pouco mais lento. Ele tem uma opção --exclude-from=FILE e um --exclude=PATTERN (além de incluir versões).