O problema é que os pacotes de sobreposição nunca são estabilizados (o ~ nunca é removido do arco KEYWORDS nos ebuilds). Não sei por que isso não está sendo feito - pelo menos em qualquer um dos pacotes de sobreposição que uso.
A solução encontrada em este tópico da lista de discussão do usuário do gentoo , é permitir que pacotes instáveis sejam cada sobreposição em package.accept_keywords :
*/*::overlay-name ~amd64