Este é um bug no GNOME antes de 3.25.3.
Sua pergunta é antiga, é provável que você tenha feito o upgrade para o Stretch. Se este for o caso, você pode verificar Debian Stretch: How eu faço Wayland o padrão? .
Caso contrário, você pode corrigir a origem e reconstruir. Ou, como alternativa, você pode configurar um login cronometrado com um atraso de 1 segundo.