Eu recomendaria sair do VNC para X2go ou outra implementação semelhante de FreeNX .
O VNC geralmente é lento, não responde, não é confiável e geralmente é menos seguro do que essa alternativa, que é muito mais rápida, mais confiável e executada por meio do SSH X11, portanto é tão segura quanto a instalação do SSH. Além disso, eu pessoalmente experimentei zero problemas gráficos sobre o X2go, enquanto ao usar o VNC eu lutei com bugs gráficos constantes.
Se alguém entrar e fornecer uma solução funcional para o seu problema VNC, isso é ótimo, mas eu ainda diria que seria melhor você se livrar completamente.