Eu estava tentando usar uma ferramenta, uma ferramenta escrita em java chamada "fastqc" (para pessoas que estão interessadas em o que é fastqc .
quando tentei digitar o comando: "fastqc"
Eu recebi o erro:
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: uk/ac/babraham/FastQC/FastQCApplication
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:217)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:205)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:323)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:294)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:268)
quando alguém tinha algo semelhante anteriormente, alguém sugeriu que, em casos semelhantes, eu precisava definir o caminho da classe para o diretório que contém a instalação do FastQC :
e, dependendo de ter um caminho de classe padrão ou classpath não padrão na minha máquina, preciso anexar o caminho de classe existente como:
java -Xmx250m -classpath /usr/local/FastQC uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
ou
java -Xmx250m -classpath /usr/local/FastQC:$CLASSPATH uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
Como meu diretório que contém o FastQC é
/ u32 / myusername / Ferramenta / FastQC
então eu tentei os dois:
java -Xmx250m -classpath /u32/myusername/Tool/FastQC uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
e
java -Xmx250m -classpath /u32/myusername/Tool/FastQC:$CLASSPATH uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
mas nenhum deles parecia funcionar.
Eu estraguei alguma coisa? Não tenho certeza sobre o que -Xmx250m
significa, com ou sem ele, a configuração do caminho não funcionou.
Desculpe pela minha ignorância. Qualquer ideia ou sugestão apreciada.