Você pode usar o awk para criar o comando do sistema para executar
find * -mindepth 5 -maxdepth 5 -type d | awk -F"/" '{system( "cd "$0"; zip -rF "$NF".zip *")}'
O -F
divide a linha em /, $0
representa a linha completa e $NF
tem seu nome de diretório real. Não há popd necessário, pois o comando do sistema é executado em seu próprio shell e o shell pai permanece no diretório de trabalho atual.