Para começar, você pode executá-lo a partir do terminal e observar sua saída lá.
Provavelmente é necessário matar o daemon de segundo plano primeiro.
killall nautilus
nautilus
Existe um arquivo de log que eu possa ler ou configurações em algum lugar que possa me dar uma pista?
Estou executando o GNOME nautilus 3.14.3 ("Arquivos") no Ubuntu 16.04.
Para começar, você pode executá-lo a partir do terminal e observar sua saída lá.
Provavelmente é necessário matar o daemon de segundo plano primeiro.
killall nautilus
nautilus
Há também geralmente informações sobre acidentes em relação ao Nautilus em
/var/log/syslog
(abra com o Gedit).
E claro, em /var/log/apport.log