O seu vídeo está codificado como "MPEG4 Visual", este é outro nome para o MP42. Infelizmente, este vídeo foi codificado usando um software que foi desenvolvido em um momento em que o padrão MPEG4-2 ainda não estava implementado.
No momento em que estava pronto para uso geral, outros codecs haviam tomado o seu lugar (ou seja, x264 etc).
Isso significa que o suporte para esse codec é rudimentar e, na melhor das hipóteses, se esforça.
Dito isso, você pode corrigir o arquivo de alguma forma, em um formato que o ffmpeg leia corretamente.
A parte com a qual o ffmpeg tem dificuldade é a parte major_brand : isom
dos metadados.
Para contornar isso, usamos outra ferramenta: MP4Box
Então, depois de instalar o MP4Box, você executa um comando como este:
MP4Box -brand mp42 input.mp4
Isso deve alterar os metadados para ler major_brand : mp42
Quando isso for concluído, o ffmpeg deverá reconhecê-lo e convertê-lo adequadamente.
Boa sorte! :)