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Sim, usando um pipe de gpg para tar, e tar pode extrair apenas um arquivo, mas você pode ter que ler & descriptografar a maioria ou todo o arquivo, dependendo de onde o arquivo desejado é (início ou fim). Todo o arquivo não é salvo em nenhum lugar, mas o tar ainda precisa pesquisá-lo.
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Sim, mantendo uma lista de & salvando apenas o novo & arquivos alterados para backups incrementais (entre backups completos) poderiam ser uma ideia melhor.
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Como mencionado, os programas de backup dedicados que também são criptografados podem ser mais fáceis & talvez "melhor", o google pode ser um bom ponto de partida.
Usar um contêiner LUKS permitiria acesso aleatório a arquivos, e eu acho que li sobre alguns sistemas de arquivos que salvam automaticamente versões antigas de arquivos, ou pelo menos instantâneos ...