Isto irá (fingir) excluir quaisquer diferenças entre as pastas:
diff -awr folderA folderB | sed 's/Only in //;s/: /\//' | while read f; do echo "removing ${f}"; done;
Se você quiser remover diferenças em A, mas não em B, você pode adicionar um grep assim:
diff -awr folderA folderB | sed 's/Only in //;s/: /\//' | grep "^folderA/" | while read f; do echo "removing ${f}"; done;
observe que você precisa digitar folderA no comando duas vezes para este
Para executá-lo de verdade, basta substituir echo "removing ${f}";
por rm -f "${f}";