eu tive o mesmo problema; certos programas não pareciam ter a regra da opacidade. Eu mudei a regra de opacidade para:
"0:_NET_WM_STATE@[0]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[1]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[2]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[3]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[4]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'"
que parece ter resolvido o problema