A coisa mais fácil de fazer se você controlar o formato de entrada que você espera é ler o arquivo inteiro em python, extrair com uma expressão regular a tabela de interesse, então passar isso para csv:
import csv, re
data = open("foo.org").read()
mo = re.search("TBLNAME: table1\n.*?\n(\n|$)", data, re.S)
mytable = mo.group(0)
d = csv.DictReader(mytable.splitlines(), delimiter='|')
Você precisa converter a string mytable
em um iterável para o leitor csv, por exemplo, como mostrado aqui, dividindo as linhas.